La evaluación al desempeño, es una herramienta que consiste en conocer de manera individual la participación del personal en las metas de cada Unidad Administrativa que conforman la Secretaría de la Contraloría General, en base a la evaluación de actividades individuales, conducta y desarrollo personal, capacitación y aportaciones de mejora. La calificación mínima aceptada una vez integrados los cuatro factores es 80.